Maître de chapelle du duc d'Anjou, il devint, vers 1594, compositeur de la chambre du roi Henri IV.

Il a composé dans tous les genres en usage à son époque: messes, motets, psaumes, airs, chansons spirituelles et profanes.

Membre de l'Académie de musique et de poésie fondée par A. de Baïf, Le Jeune se consacra à la musique «mesurée», écrite dans un grand respect du texte.