Nel 1763 Marpurg divenne Direttore della "lottery" di Berlino, una posizione che mantenne sino alla fine dei suoi giorni.

La naturale vocazione di Marpurg erano però la critica musicale, la composizione, la teoria musicale e lo studio della storia.

Scisse la prefazione alla prima edizione dell’"Arte della Fuga" di J.S. Bach (1751-52); in conseguenza al tal lavoro, è da ritenersi uno dei primi teorizzatori dell’estetica bachiana, con particolare riferimento allo stile fugato.

Il suo manuale sulla realizzazione del "basso" e della composizione ("Handbuch bei dem Generalbasse und der Composition", 1755) divulgò quelle che erano le teorie, a tal proposito, di Rameau: storico fu anche un pamphlet del 1776, dove venivano aspramente criticate le posizioni di Kirnberger sullo stesso tema.

Altro tema vivamente discusso dal teorico fu lo studio della struttura delle corde (e relativa vibrazione) in riferimento all’opera critica di Sorge.