Muffat fu organista alle Corti di Vienna, Praga e Salisburgo, già prima di visitare l’Italia negli anni successivi al 1860.

Qui studiò (a Roma) con Pasquini, ebbe occasione di ascoltare i Concerti grossi di Arcangelo Corelli, e potè ascoltare le sue composizioni interpretate da quei musicisti (ed esecutori) che frequentavano l’ambiente musicale di Corelli.

Nel 1682 ritornò a Salisburgo, ma rimase deluso dall’ambiente musicale che vi trovò; conseguentemente, accettò la carica di Kappellmeister alla Corte vescovile di Passau.

Fu un compositore decisamente versatile, e giocò un ruolo importante nell’introduzione di stilemi tipicamente italiani e francesi, all’interno di una produzione musicale squisitamente germanica.