Brian Ferneyhough erhielt seine musikalische Ausbildung an der School of Music in Birmingham und an der Royal Academy of Music in London.

Beim Gaudeamus-Wettbewerb für Komponisten in Holland 1968 erhielt er einen Preis für seine "Sonaten für Streichquartett" und erzielte denselben Erfolg 1969 und 1970 mit "Epicycle" und "Missa Brevis".

Die italienische Abteilung der ISCM sprach Ferneyhough für "Firecycle Beta" auf dem Wettbewerb von 1972 eine ehrenvolle Anerkennung (zweiter Platz) aus und gab ihm zwei Jahre später einen Sonderpreis für "Time and Motion Study III", das als das beste Werk aller Kategorien angesehen wurde.

1973 erteilte der Südwestdeutsche Rundfunk Ferneyhough ein Stipendium aus der Heinrich-Strobel- Stiftung, ferner erhielt er einen deutschen akademischen Austauschpreis für 1976-1977 und den Koussevitsky-Preis für "Transit", das als das beste zeitgenössische Werk der Aufnahmen im Jahre 1978 angesehen wurde.

Von 1973 bis 1986 erteilte Ferneyhough Kompositionsunterricht an der Musikhochschule Freiburg.

Zwischen 1984 und 1987 leitete er an der Civica Scuola di Musica in Mailand regelmäßig Meisterklassen; von 1986 bis 1987 hatte er die Position des leitenden Kompositionslehrers am Königlichen Konservatorium Den Haag inne.

Seit 1987 ist er Professor für Musik an der University of California in San Diego; bei den zweijährlichen Ferienkursen für Neue Musik in Darmstadt hat Ferneyhough seit 1976 Vorträge gehalten und Seminare geleitet.

Seit 1984 ist er der Koordinator der Kompositionskurse; weitere angesehene akademische Positionen waren eine Gastprofessur am Königlichen Konservatorium Stockholm und an der University of Chicago.