Italienischer Komponist, Merulo war bis 1584 Organist an San Marco in Venedig, ging dann an den herzoglichen Hof in Parma, wo er das doppelte Gehalt bekam.

Sein Orgelspiel war in ganz Italien berühmt; seine Kompositionen für dieses Instrument begründeten einen spezifischen Orgelstil.

Merulo war auch als Instrumentenbauer tätig, schrieb Motetten und Madrigale und gab Notendrucke heraus.